אחד הנושאים הקשים, עמוקים, וטעונים הסבר, הוא עונשי המוות של האל: ההחלטה להשמיד את בני האדם בדור המבול, סיפור עקדת יצחק, השמדת המדייניים, והשמדת עמי כנען על ידי יהושע; עונש מוות על ניאוף לסוגיו ועל קללת אב ואם ועל חילול שבת. הנושא אינו רלבנטי כלל לשאלה של מציאות האלוהים, אך הוא באמת טעון הבהרה.
העולם מלא ברוע, רצח, מוות, ודם שפוך. בכל יום נרצחים וסובלים אלפים רבים של בני אדם כתוצאה מפציעות זדון של בני אדם אחרים. האם אפשר למנוע זאת? הגישה המוסרית האתאיסטית אינה מתיימרת לתקן את העולם, והיא דבקה בעיקרון של 'חיה ותן לחיות', אל תכפה את דעתך על אחרים. ברור שכך לא יתוקן העולם, אף כי בהתנהגות זו האדם נמנע ממעשים שערכם מוטל בספק. אפשר לומר שהגון ונכון הוא במצב הקיים בחברה המערבית, לקבוע כי אין לאף אדם זכות לכפות או לנסות לכפות על חברו את דעותיו בדבר האסור והמותר, ובודאי לא זכות להעניש או לפוצץ מגדלים אנשים הסוטים מדעתו, גם אם היא מנומקת בדת או בקדושה או בגן עדן וגהינום.
אלא שהדת היהודית מציגה תכנית עולמית, תכנית לשינוי העולם, להפסקת הרציחות והסבל. ברור שכל ההוראות הכרוכות בתכנית זו רלבנטיות רק בשעה שהתכנית ברת ביצוע. כל אחד מבין כי אי אפשר לשנות את העולם ביום או ביומיים, וגם לא בכל מצב ולא מכל עמדה. אף אחד אינו הולך להרוג מדיינים או כנענים, ואפילו לא מחללי שבת. התכנית של התורה היא בשלב ראשון ליצור עם שלם שיהווה צבא של הרצון האלהי, יקבל על עצמו את המוסר המוחלט האלהי ככללים שאין חריגה מהם, ואת בניית הצבא הזה של ממלכת כהנים וגוי קדוש כמטרת חייו. מובן שאין הכוונה בענישת מחלל שבת או נואף להשמיד חלקים מן העם, אלא להיפך: לגרום שלא יהיו יותר מחללי שבת ונואפים. לפי המסורת היהודית (מכות ז.) כמעט ולא השתמשו בעונשי מוות, מן הסבה הזו, שעונש מוות אחד פעם בשבעים שנה מספיק בכדי לגרום לציבור להבין את חומרת החריגה. גם בצבא ישנן עונשי מוות על עריקה ועל הירדמות בשעת שמירה.
השלב השני היא השפעה של היהדות על העולם כולו, אין המדובר בתכנית בדיונית, אלא בדברים שהתרחשו בפועל בהיסטוריה, כמו שנראה להלן. ההשמדה של עמים מסויימים, עד כמה שהיא קשה לעיכול אצל אנשים הגונים בני זמננו, היתה כנראה הכרחית לתיקונו של העולם, אם חברה המבוססת ובנויה על רוע, ללא אפשרות והסכמה של תיקון (לכל העמים המושמדים על ידי ישראל ניתנה אפשרות של השלמה עם התכנית האלוהית והישארות בחיים) מושמדת, הרי שאנו חוסכים בכך הידרדרות של האנושות. לו היתה התכנית הראשונית של ישראל עם כניסתו לארץ מוגשמת, הרי שהעידן המודרני וההומני היה מגיע שלשת אלפי שנים קודם. וכאן יש להגיש כי כל זיהוי הרוע הזה שאנו מדברים עליו לא נעשה על ידי מולות, איממים, או רבנים, אלא אך ורק על ידי נביא השומע מהאל בעצמו. וכאן הנקודה העיקרית: מי שאינו מאמין בנבואה מפי האלהים, חייב באמת לחשוב את כל המעשים האלו כרצח וכשחיתות, כי אין בן אנוש יכול לקבוע על קבוצה או על עם גורל שכזה. אך מי שמאמין בנבואה, צריך לקבל את האפשרות הזו של תכנית עולמית, המחייבת קבוצה מסויימת להתפרק ממהותה או למות. ברור כי לו האלהים היה מודיע לנו לפני עלייתה של גרמניה הנאצית לשלטון, כי האומה הגרמנית מסכנת כעת את האנושות, מוצדק היה להשמיד אותה. ולכן אי אפשר לבא בטענות על מקרים כאלו שאירעו בתקופת מתן תורה. היתה זו תקופה יחידה בה נעשו מעשים כאלו, ואין לנו זכות לשפוט אותם.
התורה אינה מצוה על העתיד בהשמדת עמים, כי אם להיפך, לסובלנות ולסבלנות, לדיני מלחמה מיוחדים במינם שעד היום לא נכנסו לנורמה החברתית. בפועל אנו שואבים את כל יסודות המוסר המודרני מכתבי הקודש.