היהדות היא, לכאורה מאז ומתמיד, המבצר של האמונה באל אחד.
אולם, אפילו בתנ"ך - יסוד אמונותיה - ניתן למצוא דעות ספקניות לגבי האל, אם גם לא אתאיסטיות טהורות.
בספר איוב מוטל ספק בצדקת האל ששולט בעולם, ונשאלת השאלה האם אכן שלטונו טוב כל־כך.
בספר קוהלת נדמה שהדובר מביע במרומז כפירה גם באל.
ספרים אלה עוררו כתוצאה מחלוקת עזה לפני שהוכנסו לבסוף לתנ"ך, עם הפירוש המתאים, כדי להקהות את העוקץ של הדעות המבוטאות שם. האתאיזם מותקף בספר תהילים, שם נאמר "אמר נבל בליבו, אין אלוהים" (תהילים יד, 1)
כלומר האתאיזם הטהור היה ידוע בתקופת התנ"ך.

התנ"ך עצמו הוא כנראה יצירה מאוחרת בעיקרו, שקיבל את צורתו הסופית רק בתקופה הפרסית ואולי אף ההלניסטית.
ספקנים ואפיקורסים יהודיים היו תמיד נדירים, אם כי ניתן למנות בינהם את הרב המפורסם אלישע בן־אבויה מהמאה השניה לספירה, שהפך לכופר בעיני היהדות.
לא ידוע מה היה בדיוק אופי כפירתו, אך יתכן שחשב שיש יותר מישות אלוהית אחת, מעין "שתי רשויות", וייתכן שהפך לאתאיסט מוחלט.
כופר אחר מהמאה התשיעית לספירה היה חיוי הבלכי, שהעז להטיל ספק בקדושה האלוהית של התנ"ך על סמך סתירות שונות שמצא בו. למעשה, היה חיוי הבלכי אבי הביקורת המדעית של התנ"ך, ועל סמך ביקורתו זו מצא את האל המקראי פגום מבחינת יחסו לבני האדם, אך אנשים כאלו היו נדירים ביותר ביהדות.

יש שרואים בפילוסוף היהודי בן המאה ה- 17, ברוך שפינוזה, את האתאיסט היהודי הראשון.
למעשה שפינוזה היה פנטאיסט שטען שהאלוהות נמצאת בכל דבר ואין להפריד בינה ובין היקום, והפשיט אותה מכל תכונה ספציפית.
בכך הובאה למעשה לקיצוניות ההגיונית תפיסתו הפילוסופית של הרמב"ם על האל כבלתי מושג לחלוטין.
למרות ששפינוזה לא היה אתאיסט של ממש, הרי הביקורת החמורה שלו על התנ"ך ועיקרי היהדות מאפשרת לראותו כאבי האתאיזם ביהדות. אתאיזם כזה ניתן למצוא מצד אחד אצל הוגים כמו קארל מרקס ומצד שני אצל ראשי כיתות כמו שבתאי צבי ויעקב פראנק, שהאמינו שהאדם יכול להתעלות לדרגת האלוהות וניתן לטעון שבתפיסותיהם היו מרכיבים של כפירה קיצונית ואף אתאיזם.

האתאיזם הפך ליסוד חשוב בזרמים סוציאליסטיים יהודיים שונים כמו בקיבוצים, והיה אלמנט מרכזי בתפיסה של תנועת העבודה.
המנהיגים הציוניים החשובים - הרצל, ז'בוטינסקי ואולי גם בן־גוריון (שאם היה קרוב באמת לדת כלשהי מלבד לתנ"ך, הרי היה זה לבודהיזם) - היו כולם אתאיסטים גמורים, וכך גם הסופר הידוע י"ח ברנר. תפיסה זו התבססה על האמונה באדם כמי שיכול להתפתח בעצמו ללא כל התערבות חיצונית ולהגיע לדרגות הגבוהות ביותר ואף לדרגות "אלוהיות".
תפיסות דומות היו גם בקרב אנשי התנועה הכנענית שהיו אנטי־דתיים גמורים ובזו ליהדות.

אך האתאיזם שהיה מרכזי בהשקפות הסוציאליסטיות בעשורים הראשונים של המאה הקודמת ועד לאמצע המאה, החל להחלש לקראת סוף המאה ה- 20 עם התחזקות הדת, התחזקות הנמשכת גם היום בישראל.
האתאיסטים מצאו את עצמם תחת אש, ואחת מבעיותיהם העיקריות הייתה העובדה שחילוניים רבים לא ידעו דבר על הדת היהודית, וכך לא ידעו כיצד להתגונן מפני הטענות של נציגיה – מחזירים־בתשובה למיניהם.

האתאיזם המודרני בישראל מורכב מתפיסות שונות של הוגים שונים, כמו חיים כהן שקורא לאתאיסט היהודי להיות "כופר מתוך ידיעה", מתוך הכרת מורשתו היהודית, וסירב להיקרא "חילוני"; או כמו הפסל ועורך כתב־העת "סביבות" עזרא אוריון שמדבר על כך שהיקום שלנו הוא יקום אקראי אחד מתוך אינסוף יקומים אקראיים באותה מידה.
אוריון, עם רעיונות הפיסול הגלקטי שלו, מייצג תפיסה של האדם כבורא ויוצר בפני עצמו, שאינו זקוק לכל התערבות חיצונית.
האדם הוא מעין אלוהות "אני יוצר לכן אני קיים, מיקרו יוצר - מיקרו בורא".
תפיסות כמו של אוריון הרואה באדם בורא, ושל כהן הקורא לאפיקורסיות יהודית מתוך הכרת המקורות, מעולם לא היו נפוצות.
רוב הישראלים הם מסורתיים או דתיים, או שהם חילוניים מתוך בורות אודות התפיסה הדתית המנוגדת.
לכן, ניתן לומר שהאתאיזם מתוך ידיעה לא פרח באמת בישראל.

לפני כמה שנים נעשה ניסיון ליצור בישראל כתב עת אתאיסטי בשם "אפיקורוס", שייצג את עמותת האתאיסטים שהוקמה בידי עורך־הדין רן שלום והתסריטאי אבי גואטה.
"אפיקורוס" הציג תפיסה הומניסטית לוחמנית השוללת את כלל האמונה הדתית, שנועדה לעבור מ"מגננה" כנגד הדתיים ל"מתקפה" כלפיהם. "אפיקורוס" החזיק מעמד רק שתי חוברות בשנים 1997-1999.

האתאיזם פרח בישראל בשנותיה הראשונות של המדינה אך כיום הוא נמצא בנסיגה מתמדת, נסיגה שסיבותיה הן בראש ובראשונה חוסר ידע על הדת ועל המדע, הנובע מכשליו השונים של החינוך הישראלי, וייתכן גם שאמונה פוחתת והולכת ביכולת האנושית לפתור בעיות שונות ולהביא לעתיד טוב יותר.
כל זאת, במיוחד בתקופה של התחממות גלובאלית ומשברים אקולוגיים שנראים כתוצר ידי האדם, ושבשנים הקרובות ישפיעו באופן ישיר ביותר על המדינה והעולם כולו ועל חייו של כל אדם ואדם, ובתקופה של מלחמה בלתי פוסקת עם הפלסטינים שסופה מי יישורנו.
בתקופה כזו, אין פלא שרבים מוצאים מפלט בדת, ומייחלים להתערבות אלוהית כלשהי - ושוכחים שרק האדם הוא שיכול לעזור לעצמו.